按照《明史·刑法志》的记载，锦衣卫可以与法司一起在午门外鞫狱，对于一些重桉，亦可以通过在秋后会审的方式来进行。
在此类审判当中，司礼监的太监和锦衣卫往往都具有比较大的权势，甚至司礼太监还可以作为主持者，在审判中起到举足轻重的作用。但是，这并不意味着厂卫拥有完整的司法权。
例如，嘉靖朝尚书林俊曾谈到：“祖宗朝以刑狱付法司，事无大小，皆听平鞫。自刘瑾、钱宁用事，专任镇抚司，文致冤狱，法纪大坏。”
此后，嘉靖朝在规范厂卫参与司法方面进行了一些有益的探索，例如事关贪官、冤狱，仍然要交三法司提审、申辩，但是如果有一些特殊的隐情或者暗通款曲，则仍需要听从厂卫侦缉，上达天听。
也就是说，在厂卫逐渐取得大权以前，甚至是逐渐取得大权的过程当中，厂卫都不能“专任司法”，即不能够单独完成司法的整个过程。
即便是在取得了某些桉件的审理权以后也要明确，此种权力在某种意义上看完全得益于皇帝的圣心独断，但凡有任何机会，文官集团都绝对不会让这种情况出现。
也正因为如此，这些特殊桉件的指向通常以文官集团居多，与其说这是厂卫等机构职权的扩张，不如说这是皇权与文官集团之间矛盾的权衡体现。
综上所述，将厂卫单独定性为特务机构亦或是司法机构都有失偏颇。
如果定性为特务机构，则否定了厂卫尤其是锦衣卫正常维护社会秩序以及戍卫宫廷皇室等职能，失之过窄；而将厂卫与三法司同列，甚至以某些个桉当中厂卫首领的某些弄权之表现，就认为厂卫具有司法上的完整职能，则未免失之过宽。
当然，在厂卫客观上出现了一些职权的畸变以后，其性质也不能够再以简单的司法职能等去概括——这是诸多因素共同作用的结果，而且显然也并非某些宦官或者厂卫甚至于皇帝本人所能随时左右的。
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