众所周知，厂卫具有羁押审讯乃至于刑讯取证的权利，亦可以实施一些特定的惩戒性的处罚。要注意的是，这里的羁押并不是刑罚意义上的监禁，而是候审或者待审的一种临时剥夺人身自由措施。
相对于后世的法治社会而言，这种权力听起来很反动，但凡事不能脱离时代背景，这种权力此刻有其存在的意义。在锦衣卫等具有了侦查缉捕职权的情况下，拥有这种权力其实是十分必要的。
同时，此类羁押并不完全等同于皇帝设置的诏狱。锦衣卫从其机构设置上看，设有与其他兵卫类似的镇抚司，而锦衣卫之监狱也就是镇抚司监狱。
长久以来，锦衣卫和东西厂都以其刑罚酷烈而臭名昭着，早在朱元章办理蓝玉桉的时候，锦衣卫就因为“非法凌虐，诛杀为多”而成了朱元章的替罪羊，朱元章对其焚毁刑具的行为则更像是为自己脱罪的一种手段。
按照《万历野获编》的记载，镇抚司狱条件极为恶劣，与法司监狱有天壤之别。其采用地下或半地下的建筑方式，墙体非常厚，声音也无法传出。而狱中人的待遇也极差，饮食经过层层查扣后所剩无几，严寒时也没有炭火或者御寒的衣物，亲属也不能探望。
正是因为其侦缉行动的无孔不入与刑讯手段的酷烈相结合，才使得皇帝以此来震慑官员，而厂卫之势随之越发肆无忌惮。
除了羁押审讯，廷杖则是宦官和锦衣卫把持的另一项临时性惩戒措施。
虽然在形成之初，廷杖更多是对殿前触怒皇帝直言进谏的臣子所进行的一种惩戒措施和震慑手段，但之后越来越广泛的应用，使得锦衣卫和宦官将刑罚实际上牢牢把握在手里。
不过这一权力与此时内阁遇到的问题关系不大，这里就略过不提了。
说第三个方面，厂卫可以用比较特殊的程序参与实质意义上的司法审判，这种职权可在某种意义上被视为是一种法律监督的权力。
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