这些例行公事之外，言官的弹劾当然也是少不了的，其中有些纯属没事找事，不过多数还是实有所指的，如“兵科给事中赵世勋劾右府掌府事定国公徐文璧留难应袭，需索属官，私设文簿……请严行禁革，以儆枭贪”。
这是巧立名目行索贿之事，但是处置结果只是“以勋旧，仍其职，惟厘革夙弊为后日规”，这要是个文官，恐怕已经乌纱不保了。
又有“掌后军府事定国公徐文璧以武职侮辱大臣查访的据”，侮辱大臣就要上奏皇帝处置，可以看出武职地位确实低于文职。
当然定国公地位超然，这次犯事的也不是他本人，只是他辖下的几个百户，“聚嚷禁地侮辱大臣”，按理说跟他关系不大。不过，徐文璧却由于“所参仅六名，虚捏二名，枉报三名……含糊塞责”，结果被“罚住禄米半年”。
又有“兵科给事中熊遇明言比岁适当军政左府佥书成国公朱纯臣有营求戎政一事，部中议欲斥之，无何自陈疏下，破例钦留，幸端一开，渐不可长”。
虽然这份奏疏和朱纯臣等人的辩驳“俱不报”，但是从“营求戎政”的指责可以看出，勋贵武臣哪怕是争取分内之事也不能太主动了这里的戎政是指总理戎政，此职务按例本由勋贵担任的，想自求事职还是很犯忌讳的。
真正上书言本职工作的更是少之又少，其中有几条是关于“东事”也就是朝鲜之役的：“兵部尚书石星会集大学士赵志皋等定国公徐文璧等及九卿科道于左阙研译倭使请封”、“丁卯定国公徐文璧等会议言东事……乞敕兵部移文督抚诸臣应议者速议应行者径行”。
据此来看，军事方面他们还是有一定发言权的，但是实际上要么打酱油，要么说废话。
下面这个例子也能看出“五军都督府”的尴尬地位：“甲午后军都督府掌府事英国公张惟贤言近日据昌平镇道报有八达岭守备解到夷人……乞敕府部衙门通行各关各口一体严禁”。
结果得到的回复是：“上曰：这所奏系边防要务，著该部看议来说。”这里的“该部”自然指的是兵部，朱翊钧的意思就是“既然是边防要务，那就让兵部去管”，所以到这里也就没他英国公什么事了。
具体事务他们是插不上手的，反倒是人事方面还有点推荐权，不过估计也是靠面子而非职权：“丁巳起原任宁夏总兵官右都督李如柏以原官挂印镇守辽东，以英国公吏兵诸大臣交荐之也。”
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