首先是军队征调。
这一次，卢象升建言兵部直接征募汉化蒙古兵与汉化索伦兵，以组建更大规模的骑兵，作为西进的骑兵军团。
因为这些人天生骑术精湛，如今在汉化多年后，也具备了为国征战是光荣之事的意识。
而陕西、京畿、辽东这些地方的汉人军队，则主要征调勇卫军和近卫军步兵，组成步兵和炮兵军团。
朱由校对此予以照准，并敕旨兵部照此整编出一支西征军，由步骑炮组成，且敕旨枢密院确定西征时间和相应计划。
大明现在的军事制度已改为大都督府枢密院和兵部两处军事机构。
其中，枢密院负责调兵、武官选拔任免、指挥、军事方略决议、军法审判诸事；兵部则负责募兵训练、后勤供应、国防宣教诸事。
而地方上。
因为卫所制度早已名存实亡，再加上朱由校取消军户等户籍制度、改革路引制度，允许士民自由外出（限国内）与定居，尤其是现在商品经济进一步发展，进入到蒸汽时代后，各卫所就更加没有什么人，即便还有的，军官都已变成了事实上的地主，而卫所士兵则已成为自耕农或佃农。
所以，朱由校已在天启十五年下诏彻底废除了卫所制，陕西都司改为甘肃布政司，卫改为府、千户守御所改为县，百户守御所则改为乡或镇，人口多的则升为县，重新编户。
因朝廷默认世袭军官家族历代兼并的军户土地为其所有，再加上军户本就没有了多少，且朝廷已有足够的常备军，也就没有遇到多大的阻碍。
除此之外，天下营兵，也就是招募的职业兵，皆整编为大明国防军。
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