虽然，孔贞宁内心是不服气的，非常痛恨朱由校，也不愿意认可张同敞的话，但他不得不承认，现在真到朱由校发了疯不顾一切要杀他们的时候，他们这些人真的算不了什么。
“带走！”
杨寰这时候喝令了一句。
而孔贞宁等因此便被押上了囚车，接下来便是被押解进京，凌迟处死。
孔家自然也被抄没。
接下来，朱由校便下旨永废曲阜孔氏香火，销毁其族谱，并下旨以曲阜其余与衍圣公府无血缘的孔氏百姓皆需重新教化为由，而将曲阜设为内廷直辖皇庄，并让张同敞临时兼任曲阜知县，对曲阜实行临时军管，招揽流民，分田编户。
而对于衍圣公的爵位，朱由校则下旨永久废黜。
……
“叶公，曲阜出大事了，孔氏一族被朝廷治以谋反罪，并言其为胡虏之裔，冒充圣人血脉，且断其香火，烧其族谱！”
叶向高这里也从叶初春这里得知了朱由校灭曲阜孔氏的消息。
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