卡尔大公锐意实行军事改革，果断废弃旧的军事制度，认真吸取拿破仑的建军经验和作战思想，计划改编奥军，实行师团编制。
可惜因为触动了太多人的利益，改革未能展开。反对他的人不停地向皇帝弗朗茨二世进言，另一方面积极造势称要为其竖立永久雕像，并封其为救世主。
虽然卡尔大公拒绝了那些虚荣，也从未想过，或者做过对于皇帝或是国家不利的事情。
但是“功高震主”并不是一句虚谈，弗朗茨二世终究还是无法继续信任自己的弟弟，没有了皇帝的支持改革自然无法继续，卡尔大公只能被迫辞职。
改革虽然失败了，但实际上却是为奥地利选拔了一些人才，训练了一批合格的军人，为日后的阿斯佩恩-艾斯林战役打下了基础。
1809年卡尔大公在阿斯佩恩-艾斯林战役中击败了拿破仑，若不是约翰大公的瞻前顾后姗姗来迟，世界的历史甚至有可能会改写。
这是拿破仑统兵作战以来第一次在正面战场的大规模会战中的失利，同时也是卡尔大公最后一次在大规模会战中取得胜利。
同年瓦格拉姆战役，卡尔大公虽然被击败，但是拿破仑赢得也不轻松，军官阵亡比例极高，伤亡比例甚至还要高于奥地利军队。
拿破仑本人虽然报仇雪恨，但是大量优秀军官的阵亡，也为其日后覆灭埋下了隐患。
但此时的弗朗茨二世已经厌倦了战争，奥地利向法国求和，卡尔大公挂冠而走，从此兄弟二人形同陌路。
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