波兰并不是俄国内部唯一的隐患，更让沙皇头疼的是生活在高加索地区的山民和西伯利亚的部落还有哥萨克。
哥萨克自1654年起就开始依附于沙皇俄国。“哥萨克”来自突厥语，意为“自由人”或者是“劫掠者”，起初受到俄国人的崇拜与敬畏。
他们虽然出身低贱，但渴望自由，不愿屈服。
哥萨克人的崛起是俄国南方的巨大威胁，当时阿列克谢一世采取了怀柔的政策。用宗教和金钱腐蚀其高层，让其为己所用，这一招果然奏效。
不过哥萨克在正面大规模战场上起到的作用甚微，并没有体现出他们作恶的那种天赋。
同时，这些牧民们又是一柄尾大不掉的双刃剑。哥萨克人只听从于自己部落的首领，经常会因不服从俄国人的指挥而发生争执，甚至连杀掉信使都不在话下。
反复无常也是他们主要的特征。之后历代沙皇都有加强对哥萨克部落控制的举措，例如：取消阿塔曼首领的民主选举权、禁止他们接纳自由人加入，还把部分哥萨克人强制迁移到其它地方...
其中运用的最主要的手段是在分散和消耗其力量之间保持微妙的平衡，以便让其参与到对西伯利亚的征服计划之中。
相比正面战场，追杀和劫掠才是哥萨克们最擅长的，此后的数百年间，西伯利亚的原住民遭到可怕的灭顶之灾。
在拿破仑战争时期哥萨克团开始有了正规编制，这也是没有办法的事，毕竟当时俄国已经处于劣势，必须要动员一切可以动用的力量。
但哥萨克依然区别于俄国军队，依然以部落社群为单位。直到尼古拉一世上台后，强制将哥萨克人编入一个个军区。
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