当然，彼时装备十几门、甚至多至三十六门红夷大炮的战船并不普遍。一则是红夷大炮重量很大，装备十几门甚至几十门炮，这对于战船的体量要求比较高；二则明代原有的发熕炮和红夷大炮在技术上是一种承接关系，因此明代战船上很可能是将红夷大炮和发熕炮混装。
除了数量增加以外，当时大明水师火炮的配套设备也逐步完善起来。最初装备的发熕或者红夷炮都是放在木架上，木架下面铺有泥、糠、稻草，以缓冲后坐力，但是随着大型火炮数量增多，大明水师也开始出现铳车、舷窗、炮孔、火炮甲板等，甚至也出现了双层火炮甲板的战船。
如《兵录》中就记载：“船下层主甲板左右约开铳孔，或三十处，或二十处，安置红夷大炮，每门重二千三四百觔者，用一车轮架乘之，便於进退装药。此等大炮，每船一只，或六门或八门，左右排列；余孔亦列千觔与五百觔之铳，必要五百觔为率者，方沉重不跳且送弹端直”。
还有郑成功的水艍船火炮也采用分层设置，上施楼堞，绕以睥睨，面裹铁叶，外悬革帘，中凿风门，以施炮弩。
更有意思的是，双层火炮甲板技术不但应用于东南沿海地区，居然还深入到了内河。据《平吴录》记载，1674年吴三桂反叛，就建造了“中分三层，上中两层左右各安炮位三十六，下层左右各置桨二十四，其行甚速”的大型内河战舰。
随着火炮数量不断增加，炮击战术也逐步成熟。1627年8月，郑芝龙与俞咨皋部战于福州将军澳，郑芝虎使用斗头炮将明水师马胜船打穿，延着火药桶发火。
1628年6月，郑芝龙与俞咨皋再战于厦门，明军孙雄船被郑芝熊尾送炮打沉。崇祯八年，郑芝龙于广东田尾洋剿灭刘香，双方战船均有被炮击沉者多艘。
到了1661年5月，郑成功在台江海域与荷兰军舰展开海战，荷兰战船“赫克托号”首先爆炸沉没，随后中国大船紧靠“斯·格拉弗兰”号和“白鹭”号二号船的尾部，郑军士兵向敌船甲板和船舱上开炮射击，并且郑军还使用了火攻船。
此次战斗，以炮击船、以炮击人的作用已经变得非常突出，传统的火烧敌船也仍然发挥了重要作用，但是过去最为常用的的跳船接舷战则再也没有出现。
再到1680年，清军收复海坛之战，万正色战船“炮火齐发，击沉贼船十六艘”。1683年澎湖海战，炮击战术变得更加重要，海上交战发铳为先，“焚寇之船莫如火，碎寇之船莫如炮”。
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