在陕西三边四镇军事防御区域里，总制陕西三边大臣负责统一调度。总制陕西三边，管辖陕西、延绥、宁夏、甘肃四镇军务，各镇巡官均受其节制。弘治十年，总制大臣一员初议奏设。同年十月，任命左都御史王越总制甘、凉各边。
彼时，王越所任总制一职并非总制陕西三边，其管辖范围只有甘肃镇的部分地区。弘治十一年，才开始出现“总制三边军务”的官称，但其具体的管辖范围并不十分明确。自王越离开之后，总制一职连续空缺三年。
直至弘治十四年九月，因北方蒙古部落毁坏花马池边墙，抢掠固原、安会等处，兵部推举户部尚书秦纮总制陕西、固原等处军务。弘治十七年，“适虏贼不住套”，因此秦纮召回户部。
此后，总制一职便开始视边情缓急而设。例如弘治十八年，蒙古部落又在花马池北柳杨墩处毁坏边墙，攻陷灵州清水营堡，再度抢掠固原、安会等处。
为此，正德元年任命杨一清为总制，负责管辖陕西、宁夏、延绥。正德十年，陈天祥以提督身份统管陕西三边军务。此后，陕西三边间或由“提督”管辖军务。同年五月，时任提督陕西三边军务彭泽乞休致仕后，陕西三边军务官职再次空缺，这次空缺时间长达五年。
直至嘉靖元年，总制陕西三边一职才再次出现，由兵部左侍郎李钺担任。李钺就职总制一职，其任务是为了处理亦卜剌侵扰一事。
嘉靖二年，“上以陕西事宁，取钺还朝”。嘉靖三年十一月，吏部右侍郎孟春奏设总制大臣两人，一人总制宣府、大同，一人总制陕西三边。
此次陕西三边总制的奏设，主要是为了及时防御吐鲁番的入侵。同年十二月，又将陕西三边总制改设为提督。嘉靖七年八月，总制陕西三边正式确立。嘉靖十五年，将陕西三边总制改名为总督。
自此之后，陕西三边总督负责管辖陕西三边四镇的军务。由此可见，总制陕西三边，自弘治十年初议，至弘治十四年开始成为定制。
在这一时期，总制陕西三边的任务主要是为了防御蒙古部落的南侵。期间，总制陕西三边一直常有空缺，一旦北方蒙古部落大举南下，三边防守告急，朝廷便立即选任总制，集合四镇兵马以作防御。
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