作为帝师的高拱当时虽非首辅，但按照一般情况来看，他是可以并且通常应该出面维护一下石星的，谁料石星的那奏疏里还带了点隐含的指责，仿佛是说隆庆帝如此不堪，高拱这位帝师当负全责。
高拱本来以为这只是石星搞不清状况，想忍下来，谁料门下弟子一查，发现根本不是这么回事。
实际情况是什么呢？是徐阶当时操控言路和高拱斗法，石星虽然本来不是徐阶的嫡系，但他作为年轻言官，在众口铄金之下真的以为高拱就是徐阶口中的不识好歹、恩将仇报之辈，于是愤而上疏，明着骂皇帝，实则骂高拱。这一下子就把高拱惹毛了。
高拱的脾气本来就不好，又正值与徐阶斗法的紧要关头，石星这毛头小子自己跳出来做炮灰，高拱可不就干脆成全他得了？于是高拱也就不再顾及石星什么“北榜后进”，更不考虑提携一把，直接了当地在皇帝的降罪圣旨上附署了。
于是石星挨了六十廷杖，当场罢官，贬斥为民。
想想看一位书生在正常情况下挨六十廷杖是什么概念——二十廷杖认真打就足以打死人了，石星挨了六十廷杖，居然只是昏迷过去。
其实这是当时高拱给时任司礼监掌印大太监孟冲打了招呼，让他安排一下，教训一下可以，不要出人命。孟冲是高拱推荐上位的，自然不敢违逆高拱的意思，这件事干得很漂亮。
再说石星本人，他在同乡好友穆文熙的护持下，经过一昼夜的照料总算苏醒过来。
此时石星本以为自己应该是徐阶眼中的可朔之才了，谁知道徐阶那边一点反应都没有，根本就当没这回事。
石星得知消息，当场凉了半截腰，差点气死。不过他那时的确很有脾气，虽然重伤在身，也不肯在京师逗留，与穆文熙两人同舟回归故里。高拱后来自己被徐阶整懵，回乡一年多才回京，回京后以阁臣兼天官，忙得不可开交，也就把石星给忘了，没想起来在徐阶倒台之后给石星平反什么的。
时间到了隆庆六年六月，隆庆驾崩，万历即位。吏部按照习惯提出起用隆庆年间因言获罪的官员，石星名列其中，高拱看了才想起他，不过没有阻拦，因此石星得以官复原职。
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