此外，内阁在正统时期获得的“票拟”之权，与六部尚书的行政权也具有很强的制衡性，对此解释最为精辟的要属高拱。
高拱在《三乞天恩辞免兼任疏》中提到：“我国家之事，皆属部臣题行，阁臣拟票。或未当，则为之驳正;或未妥，则为之调停。不嫌异同，务在参伍。所以事多得其理，而人不敢为奸，是阁之与部不容混而一也……
春芳既解任去，而臣又忝居二辅之先，若仍领铨务，则自所题行，自所拟票，驳正调停终为未便，是谓以水济水，谁能食之……
今内阁平章重事，吏部进退百官，皆权所在也。臣既忝阁臣之先，而仍总吏曹之职，则操权不亦太重乎?权太重，非惟臣难以居，而国体亦非所宜。”
这是高拱第三封请辞兼任吏部尚书的奏疏，其中非常明确地指出中枢权力结构中内阁与六部职权是相辅相成、相互制约的，这也是朝廷在废除丞相制度后，精心设计的外廷运行和制约机制，如若两者归于一处，则操权太重，严重威胁皇权的稳固和国体的稳定。
当然，这里也有点特殊，即吏部尚书到底与其他尚书有别，高务实如今这个户部尚书到底不如吏部尚书那么敏感。
“万事开头难”，高拱以首辅兼任吏部尚书之后，无论是阁老身兼尚书，或以尚书位进阁老，都变得常态化了。
换言之，内阁与六部不再如早年那般泾渭分明，现在不仅是开始融合，甚至出现了上下级之分：内阁统领六部。
当然这个并不绝对，原历史上在万历朝时，一旦首辅性格软弱，亦或者得不到皇帝的强力支持，六部也可能反过来架空内阁。
戚继光等人之所以不敢对高务实有丝毫不敬，一则是高务实入阁可期，这一点人尽皆知；二则此时户部、兵部都是实学派的主场。
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