如果无法攫取大量新土地，如此巨大的代价必定得不偿失，而秀吉的军队没能达成上述目标。因此，日本人将秀吉野心勃勃的征服亚洲之战总结为另外一个词“龙头蛇尾之役”，即开始时雄图壮志，到头来两手空空。
朝鲜之役结束一年多以后，日本的和平岌岌可危。丰臣秀吉的继承人丰臣秀赖年仅五岁，而丰臣秀吉给他安排的“监护人”前田利家也于次年去世，德川家康再无强大掣肘。
战争的阴云笼罩在整个日本上空，内战的两大阵营开始划定。
一方是德川家康，他被认为是后秀吉时代日本实力最强的大名，得到越来越多的支持，因此实力更胜一筹。
支持德川的大名大多在东日本，德川自己的领地也在这里。参加过朝鲜之役的老将，如黑田长政、锅岛直茂、宗义智和对秀吉忠心不二的加藤清正加藤支持德川的例子，很好地说明了大名仅仅效忠于秀吉本人，因此在他死后迅速改换阵营。
另一方是反对德川的大名们的松散联盟，他们主要来自西日本，以五奉行之一的石田三成为首。同德川一样，石田也宣称自己只是为了维护秀吉的遗产，不过实际上他也怀着夺取统治权的个人野心。
支持他的大名包括以下几人：朝鲜之役中的重要人物宇喜多秀家，他是壬辰战争中侵朝日军名义上的总大将，也是五家老之一，曾发誓要保护秀赖；五家老中的另一位毛利辉元，他曾经指挥日本水军同李舜臣交过手；九州的基督教大名小西行长，他在两次入侵中均是先锋，参与谋划了停战期间的大部分外交骗局；泗川之战的胜利者岛津义弘，他割下了大量鼻子作为战利品；小早川秀秋，他是小早川隆景的养子，后者是在1593年的碧蹄馆之战中击败明军的九州大名。年迈的隆景死于1593年，享年六十五岁，没有子嗣。
关原合战以东军的胜利告终，战争结束后，发生了所谓的“日本史上最大规模的转封”，反对德川的八十七位大名的领地被没收，然后被赏赐给幸运选对阵营的大名。
在这场前所未有的大动乱中，丰臣秀吉之子秀赖没有被废黜。他保住了大阪城及其周边六十五万石的领地，虽然只有他的父亲留下来的三分之一，不过仍然是日本领地最大的大名之一。
德川家康知道，除掉这个孩子的时机还未成熟，日本人还没有忘记秀吉的权威。现在离太阁之死不过两年，如果选择在此时彻底颠覆丰臣家，那些刚刚向德川宣誓效忠的大名势必会生叛心，同盟必然瓦解，部分大名会选择站在秀赖一边。从取得关原合战的胜利到灭亡丰臣家，德川家康又耐心地等待了十四年。
与此同时，壬辰战争对朝鲜的影响比对日本还要大得多。战争期间，成千上万的朝鲜人因秀吉的侵略直接丧生，其中既有浴血疆场的战士，也有手无寸铁的平民。除此之外，战争导致大量人口流离失所，很多人死于接踵而至的饥馑和疾疫，再加上那些被掠为奴隶再也没能回家的人，朝鲜损失的人口很可能高达两百万，大约占全国总人口的20%。
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