西宁卫设有指挥使一员，指挥同知、指挥佥事各七员，属下有镇抚、经历、知事各一员，各所设正千户、副千户、镇抚等职，民事由经历司办理。
与西宁卫设立相伴，地方武职官制建置体系相继构筑，“明置都指挥以领卫所，置总兵、参将、游击、守备以司攻守，又理以宪臣，监以御史，抚以都宪，统以总制”。
西宁地区“设镇守西宁等处地方总兵官一员；中营中军游击一员，中军都司一员；左营游击一员；中军守备一员；右营游击一员；提塘守备一员”。营兵设“参将下中军一，千总三，哨把总六，管火器把总二。游击下中军一，千总二，把总二。守备下中军一，把总一。”
此外防守官又以卫治为中心，四向分守，这里暂不多说。
卫所官军分番校阅，置屯遣戍，主要以护守城池、防御胡虏、备遏盗贼为任务。
西宁卫与高务实曾任的辽东地区有些类似，都是军民兼治，下辖西宁、碾伯、镇海、北川、南川、古鄯六千户所，同时兼领“塞外四卫”——即洪武八年1375后，相继在柴达木盆地西部所设安定、阿端、曲先、罕东四卫均由其节制。以“西番之势益多，其力益弱，西陲之患亦寡”的施政策略，维护明廷于此的统治秩序。
西宁卫作为兼司地方行政的机构，其下有编户四里，即巴州、红崖、老鸦和三川，由卫经历司进行管理，对周围藏族各部明朝统称“西宁十三族”也行使监督权，各部落僧俗头目“每岁遇万寿圣节、正旦、冬至俱赴卫行庆贺礼，又每月赴卫听受约束”。
卫指挥一级的官员中有专司“抚夷”之职者。弘治初置西宁兵备道后，“抚治番夷”也是副使的重要职责。
明朝西宁卫城大致在现今的西宁市中心现存北城墙、东城墙、南城墙部分残垣。对于明朝西宁卫治西宁城池的修筑，有明一代，洪武、嘉靖乃至万历年间都曾动土兴工。
洪武、嘉靖年间的修建没必要多说，万历年间的修建却不得不提一下。
万历三年1575三边总督、兵部尚书石茂华、巡抚都御史侯东莱以西宁城“土垣渐圮，历亦不时窃忧，驯至可忧”为由而加修。
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