被征服的印第安人在法律层面上被定义为“自由人”，不再是奴隶，能够以家庭为单位拥有一小块土地和房屋、牲畜，但是印第安人未经监护主允许不能随意离开自己的居住地或携带武器。
另外，印第安人还需要向监护主交纳一定的贡赋并服劳役。因为监护主向他们传播了天主教，如此才使原本是异教徒的印第安人变成了基督徒，得到了拯救灵魂并登上天堂的机会。所以印第安人需要对监护主表示“感谢”，必须承担许多义务，比如耕种土地、挖矿、打杂、交纳贡赋等。
所以事实上，委托监护制根本没有将印第安人变成自由人，大多数印第安人或是混血儿也没有公民权。委托监护制的目的是让印第安人更好地提供劳动力，同时也是为了能更安全地控制他们，使其无法反抗统治。
为了推行委托监护制和“保护”印第安人，西班牙朝廷给所有监护主的命令是不许虐待印第安人、不强迫他们劳动、给予其工资。
但事与愿违，实行委托监护制后，印第安人的生活还是非常悲惨，饱受压榨。监护主们根本不按照命令善待印第安人，他们肆意虐待印第安人，不将其看作是人类，而西班牙朝廷对监护主的管理非常粗糙，根本无法控制监护主，这使印第安人陷入了极为悲惨的处境：
“虽然法律对委托监护主为自己征税的数额有所限制，但实际上征收的数目是无法计算的。专权者搜刮他想要的一切东西，用尽他一切想用的办法，结果一个印第安人有时竟要缴纳二十次赋税，就是在这种情况下，他印第安人也不敢抱怨，因为很少可以得到伸张正义的机会。”
一些印第安人为监护主常年累月的工作，却只有微薄甚至于根本没有任何报酬，且还需要向监护主交纳沉重的贡赋。
监护主向印第安人征收贡赋的标准也非常不合理，监护主征税时会以早期人口普查数据为准，向印第安人社区征收实物税或钱税，但是其所用的人口数据却不准确。因为社区内的许多印第安人都已经死亡或逃离了，社区里根本没有那么多印第安人，却需要承受很大的经济负担。
一些西班牙殖民地的印第安人甚至每年要为监护主劳役300天以上，而官方的标准则是5-9个月。这使得许多印第安人连耕种土地、与妻子同居和生养孩子的时间都没有，使许多印第安人社区像遭受旱灾的玉米田一样快速枯萎灭绝。
印第安人的惨状甚至让一些西班牙人都不忍直视，一位名叫巴塞洛繆·德·拉斯·卡萨斯的西班牙教士对自己所见到的印第安人充满同情，勇敢地站了出来为印第安人辩护，用辛辣的语言揭露自己同胞奴役印第安人的罪过：
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