1479年，马黑麻·海答儿继子阿巴癿乞儿公开跟自己继父对抗，并准备派兵五万攻打喀什噶尔。马黑麻·海答儿得知后，先发制人派兵三万攻打和田地区的阿巴癿乞儿，不幸被击败。无奈之下他请求玉努斯汗，玉努斯汗亲自帅军六万骑兵，联合马黑麻海达尔的三万骑兵，总共九万骑攻打叶尔羌的阿巴癿乞儿。
联军被击败，玉努斯汗北回伊犁，马哈麻海达尔回到阿克苏，南疆南北由马黑麻·海答儿和阿巴癿乞儿分治。
玉努斯汗于公元1487年病死于塔什干，长子马哈木在塔什干继位。但是他的统治版图仅限于塔什干和塔拉斯等汗国西部地区，而内外伊犁和北疆东疆等地由其兄弟阿黑麻汗统治，南疆也名义上归顺他。
玉努斯汗死后，帖木儿王朝的乌马儿·沙黑·米儿咱和速檀·阿黑麻·米儿咱兄弟皆为米儿咱·速檀卜撤因之子便妄图从新汗手中夺回塔什干城。马哈木率军出击，不仅收复乌什图儿城，并且击败了乌马儿·沙黑·米儿咱的进攻。
不甘心失败的速檀·阿黑麻·米儿咱后又复率15万大军征讨塔什干城，马哈木率军迎战。速檀·阿黑麻米儿咱下辖的沙亦乩汗月即别阿不海儿汗孙子反叛并降附了马哈木汗，导致速檀·阿黑麻米儿咱彻底失败。
于是，在阿黑麻汗的统治下东察合台汗国强势，1487年和1493年东向攻打哈密，迫使大明撤出哈密。北方则进军瓦剌，从额尔齐斯河北部地区赶出瓦剌人。西方也进军乌兹别克-哈萨克三次并取得胜利。南向也征服阿巴癿乞儿，使其归顺。
然而1503年时，阿黑麻汗进军河中被三方联军所打败甚至被俘，回到阿克苏不久就因病去世，其长子曼苏尔继位。不久，瓦剌人乘机重新占领阿勒泰地区并南下占据了北疆东部部分地区。此后的长达半个多世纪里，吐鲁番汗国和瓦剌争夺北疆，瓦剌人从此正式进入当地并开始割据。
于是汗国由此进入三方割据状态，中间发生的各种战争布日哈图也简略介绍了一番。如此混乱的局面一直持续到嘉靖中期，当时西部地区在阿不都·拉失德汗的治理下社会稳定，经济文化都有很大进步。
1559年，阿不都·拉失德汗去世，经过一场残酷的宫廷斗争后，二子阿不都·哈林继承汗位。阿不都·哈林汗在位期间，西部地区军事实力不断稳固发展。
与此相反，由于从政能力平庸，属众不服，沙汗在东部地区的统治地位则日渐衰微。管理各地事务的家族成员不听调遣，各称雄长。1566年他北征瓦剌时死于流矢，沙汗的叔伯弟速檀马速继立为汗。
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