其实袁崇焕杀毛文龙这件事，本质上就是“尚方剑权限”的界定问题。换句话说，就是袁崇焕手里的尚方剑到底能不能杀毛文龙——问题不在于杀得对不对，而是能不能。
正是由于尚方剑的特权没有明文规定，因此事实上每一把下赐的尚方剑权力都不一定相同，具体要看皇帝圣旨中是怎么说的。
在袁崇焕杀毛文龙之前，能够看到记载的尚方剑特权大致区别不大。万历末年杨镐的尚方剑，一开始是有人为杨镐申请赐剑，当时官方记载的是“总兵以下不用命者得以军法从事”，不过皇帝对这次申请虽然批准，但后来赐予尚方宝剑时的授权说明则改为“将帅以下有不用命者先斩后奏”。
虽然前提都是“有不用命者”，但是范围从“总兵以下”改成了“将帅以下”，权利由“军法从事”改成了“先斩后奏”。杨镐的这一把尚方宝剑，在授予“先斩后奏”的权利，并指出“不用命者”这个前提时，还使用了好大一段文字，从当时的背景和君臣往复陈述来表明什么叫“不用命者”——事实上主要针对的是贪生怕死和做逃兵两类。
天启初年熊廷弼的尚方宝剑，官方记载的申请文字是“……甲辰上谕：阁臣请以经略尚书熊廷弼奉命专征，宜重事权，兼隆礼数，除专敕外加赐敕书一道，尚方剑一把，将士不用命者，副总兵而下先斩后奏”。
但是皇帝对这次申请批准后赐予尚方宝剑时的授权说明则改为“熊廷弼仍赐剑一口，将帅以下不用命者先斩后奏”。虽然前提依旧是“不用命者”这一点没有改变，但是授权范围则由申请时的“副总兵而下”改成了“将帅以下”。
袁应泰的那把，则多了一个可先斩后奏的前提。因为他是先向皇帝道过苦水，说人心散了队伍不好带。于是皇帝稍谕安慰，赐尚方宝剑说“将帅以下有违节制、不用命者先斩后奏”，依然包含“不用命”这个前提，但是多给了一个“有违节制”。
那么这里第一个问题来了，“将帅以下”到底是个什么范围？其实就是总兵以下——没见过哪位参将被人称作大帅吧？
毛文龙当然是总兵，而且不仅仅是总兵。总兵只是事职，更关键的是毛文龙的经制官已经做到头了——他是左都督，武将顶级。除此之外更吊诡的是，毛文龙自己也有一把尚方剑！
尚方剑对尚方剑，按说那不是一回事吗？然而真不是，文官袁崇焕请出尚方剑，当着毛文龙麾下一大批骄兵悍将的面，面色淡定地杀了他们的主帅。
全场没有人敢跳出来反对，甚至连毛文龙自己都没敢动，就这样任由袁崇焕生生斩了！
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